En el año de 1982 la Secretaria de Educación Distrital de Cartagena,  mediante el Decreto 267 del 17 de marzo, creó la Concentración Educativa Alberto Elías Fernández Baena, ubicada en el barrio Bosque, bajo la dirección del Rector General (e), Licenciado Otto Mogollón. Esta concentración acogió la población docente y estudiantil que provenía del Colegio Enrique Olaya Herrera, Escuela Normal Nuestra Señora del Carmen, Colegio Nocturno Simón J. Vélez y Escuela Anexa Antonia Santos.

En Octubre de 1995, La Escuela Normal Nuestra Señora del Carmen se desprende legal, administrativa y pedagógicamente de la Institución para iniciar su proceso de reestructuración. En el año 2002, la alcaldía expide resolución  0824 del 30 de mayo, mediante la cual a la Institución Educativa se le incorpora el personal docente y estudiantes de las escuelas SAC #8 SAC #18, Nuestra Señora del Rosario, y José Antonio Galán. Albergando una población de 3945 y 112 docentes prestando su servicio de preescolar a grado 11º y en tres  jornadas; mañana, tarde y jornada nocturna.

La secretaria de educación distrital mediante la resolución 0225 de Diciembre 5 de 1999, concedió reconocimiento oficial a la Institución Educativa Alberto Elías Fernández Baena, con Nit. 806.012.229-5, e identificación institucional DANE No. 115001005358.

En el 2007, se desprenden de la Institución Educativa las sedes Nuestra Señora del Rosario y José Antonio Galán y pasan a ser parte de la Institución Educativa San Juan Damasco, la razón para que estas sedes con una población de cerca de 500 estudiantes de básica primaria se incorporaran, a la Institución Educativa San Juan de Damasco.

En el 2007, se da inicio a la educación Media Técnica en la Institución, es de anotar que los estudiantes recibían una formación Media Técnica en convenio con el CASD pero los índices de deserción eran muy altos por problemas de traslado.

Mediante la resolución 702 de octubre 7 de 2009, se concedió reconocimiento oficial a la institución, convirtiéndola en un nodo de media técnica, visión del entonces secretario de educación Julio Salvador Alandette Con el objeto de impartir educación formal en el nivel de Media Técnica, en las especialidades de Técnico en Sistemas, técnico en comercio internacional, técnico en compras y suministros, técnico en desarrollo de procesos logísticos en la cadena de abastecimiento, y técnico en supervisión de procesos logísticos y de puertos. Los programas de formación  en el NODO, se desarrollan articulados con el SENA.   Y en esta oportunidad no solo para formar a los estudiantes de grado 10 y grado 11 de la institución sino para formar a estudiantes de otras instituciones educativas del Distrito.

Año 2013 MEN buscando mejorar la calidad de la educación implementa el PROGRAMA TODOS APRENDER  (PTA) y la institución hace parte de este programa que en la institución es liderado por un tutor que capacita y orienta a los docentes de básica primaria para el mejoramiento de las prácticas de aula, igualmente  hace entrega de textos de las áreas de Matemáticas y Castellano para todos los estudiantes de grado  primero a grado quinto

Año 2015 se inicia la jornada única en todos los niveles de la institución con almuerzos garantizados para todos los estudiantes, lo que hace que aumente la matricula par ese año.